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Le DES de Biologie médicale

Bonjour et bienvenue dans la section Biologie Médicale du SIPHL !

Tu viens d’avoir ton concours et tu penses peut-être choisir biologie à Lyon ? Félicitations ! En choisissant Lyon, tu rejoins la crème de la Biologie Médicale française.

Lyon c’est la capitale des Gaules, Guignol, la meilleure cuisine, le meilleur club de foot et accessoirement 4 groupements hospitaliers formant les Hospices Civils de Lyon (HCL, notre CHU, 2ème CHU de France). On retrouve donc 3 laboratoires principaux qui sont:

  • Grand Est :
    • Edouard Herriot (HEH) : biochimie d’urgence et immunologie.
    • Centre de Biologie et de Pathologie Est (GHE) : biochimie, hématologie, PMA.
  • Centre de Biologie Nord (GHN) : biochimie, hématologie, parasito-mycologie, virologie et bactériologie (Institut des Agents Infectieux).
  • Centre de Biologie Sud (GHS) : biochimie, hématologie, immunologie, toxicologie.

Depuis novembre 2018, le CHU de Saint-Etienne est rattaché à Lyon lors des choix de postes. A partir de la rentrée 2022, 3 internes parmi les 14 internes ayant choisi Lyon iront donc à Saint-Etienne. Ce CHU possède toutes les spécialités : biochimie, hématologie, agents infectieux, immunologie…

L’internat se déroule de la manière suivante : 

  • Phase socle (2 ans) : Les deux premiers semestres sont consacrés aux DES d’ hématologie et de biochimie. En deuxième année d’internat, tous les internes font leur semestre de bactériologie-virologie lors de leur 3ème ou 4ème semestre et un semestre en immunologie ou parasitologie (possibilité de combiner les 2 dans le même semestre). Il est également possible de faire un stage dit « libre » sous réserve que les postes d’immunologie et de parasitologie soient pourvus. 
  • Phase d’approfondissement (1 an) : réalisation de stages en lien avec l’option précoce de l’interne (Biologie Générale, Biochimie-Biologie Moléculaire, Pharmacologie-toxicologie, Agents Infectieux, Hématologie Immmunologie, PMA). A partir de cette phase, possibilité de réaliser une FST, une année recherche, un inter-chu.
  • Phase de consolidation (1 an) : l’interne doit obligatoirement être thésé pour entrer en phase de consolidation ou phase de Docteur Junior. Affectation des internes sur l’inter-région selon une adéquation entre leurs vœux et les terrains de stage (Big matching). Réalisation du mémoire de DES pendant cette année.

A noter également qu’il est obligatoire de réaliser à minima 1 semestre dans un encadrement hors-CHU (= stage périphérique ou privé) pour valider son internat. Parmi les périphéries et stages hors-CHU : Villefranche, Vienne, Bourgoin, Bourg-en-Bresse, St Luc St Joseph, Valence et 1 laboratoire privé/semestre actuellement.

Il est donc possible de faire tout son internat de biologie médicale à Lyon ! Toutes les options précoces sont disponibles à Lyon : biologie générale ou polyvalente, médecine moléculaire-génétique-pharmacologie, hématologie et immunologie, agents infectieux ou encore biologie de la reproduction.

Les principaux changements dans la vie du nouvel interne :

Le DES, la routine, les gardes et les apéros du SIPHL(le plus difficile étant de jongler entre les quatre!).

D’un côté le DES :

La phase socle (les quatre premiers semestres) est dédiée au DES de biologie médicale. Beaucoup de cours à l’hôpital (les formations universitaires), de présentations, d’exposés en perspective. La formation lyonnaise est de qualité et réputée. La première année, on passe le DES d’hématologie et de biochimie, la deuxième celui d’infectiologie (bactério et viro) et d’immunologie.

Le DES de biochimie :

La formation de base est commune aux 4 sites (GHE, CHLS, GHN et Saint-Etienne) et balaye les items fondamentaux de la biochimie : qualité/accréditation, techniques de dosages, interférences analytiques, gestion de la biologie délocalisée… Ces cours ont lieu le mercredi après-midi sur les différents sites.

S’ajoutent à cela des ateliers « fil rouge » communs à chaque site, portant sur les différents thèmes des dossiers biologiques que l’on rencontre en biochimie (bilan martial, biologie de la grossesse, marqueurs cardiaques, bilan thyroïdien, bilan lipidique…). Ces ateliers sont animés par les biologistes du labo et comportent généralement un bref rappel théorique puis une discussion autour de l’interprétation de dossiers clinico-biologiques.

Les secteurs de biochimie spécialisée (hormonologie, dyslipidémie, nutrition, métabolisme, génétique…) sont concentrés sur les sites de l’Est et du Sud.

L’évaluation repose sur des présentations réalisées par les groupes d’internes de chaque site, encadré par un biologiste senior : cas clinique imposé/choisi, présentation du plateau technique et présentation d’un analyte. A la fin du semestre, une interprétation individuelle d’un dossier clinico-biologique fait office d’évaluation finale.

Le DES d’hématologie :

Les cours sont communs aux internes Lyonnais des trois laboratoires (et certains aux internes de Saint-Etienne). Ils ont lieu en général un après-midi par semaine, le plus souvent le mardi et/ou le jeudi après-midi, en alternance sur les trois sites. Ils concernent l’immuno-hématologie, l’hématologie cellulaire, l’hémostase. Un stage de 10 jours à l’EFS est prévu au cours du semestre.

Parmi les laboratoires d’hématologie, les pôles d’excellence sont organisés selon la répartition des services cliniques. Ainsi, Lyon Sud est la référence en cytologie (Lyon Sud accueille toute l’hématologie Clinique des HCL) bien que le GHE se défende puisqu’il traite les échantillons en provenance des centres régionaux de lutte contre le cancer adulte et pédiatrique (CLB et IHOP). De plus, le GHE est la référence pour l’hémostase (il héberge le Centre de Référence de Traitement des Hémophiles). Le CBN est un plus petit laboratoire mais avec un recrutement de patients intéressants (présence d’un service de transplantation important avec des bilans d’hémostase).

L’évaluation d’hématologie repose sur la note de stage, les présentations faites par l’interne lors de son stage, une évaluation à la lecture de lame de sang et un audit final. L’évaluation est assez variable en fonction des différents sites

Le DES d’immunologie :

Depuis novembre 2021, les DES d’hématologie et d’immunologie sont séparés. Les cours d’immunologie sont dispensés en 2ème année durant le semestre d’immunologie, parasitologie ou semestre libre. Il sera nécessaire de poser une demi-journée de congés formation universitaire pour assister aux enseignements. L’évaluation d’immunologie repose sur une évaluation continue (QCM, présentations) et finale avec des cas cliniques progressifs en ligne.

Le DES de bactériologie-virologie :

Tous les internes effectuent leur semestre de bactériologie/virologie au CBN où se trouve l’Institut des Agents Infectieux.

Le premier mois du semestre en bactériologie permet aux internes de se former sur les techniques manuelles puis le reste du semestre est consacré à la validation bactériologique. Les internes effectuent également un mois dans le service de virologie, passe quelques jours en sérologie, biologie moléculaire et au laboratoire P3 dédié aux prélèvements suspectés de tuberculose. Tout au long du semestre, l’interne assiste à des “café bactério” qui sont des topos et rappels sur les pathogènes et leurs entités cliniques. Ils ont lieu sur site. Le DES de bactériologie-virologie est composé de deux évaluations orales : la première, “l’audit junior”, en cours de semestre, plutôt orienté technique. La seconde évaluation, “l’audit sénior”, a lieu en fin de semestre et porte sur les connaissances biologiques en bactériologie (interprétation d’antibiogrammes, cas cliniques…) et virologie.

Semestre de parasitologie/immunologie :

L’interne choisit entre un semestre en parasitologie et immunologie en fonction de son classement. Il est également possible de combiner les 2 en binôme avec un autre interne (3 mois en parasito et 3 mois en immuno) ou de faire un stage dit « libre » dans la limite des places disponibles (PMA, génétique, …).

Le semestre de parasitologie se déroule au CBN. L’interne participe à la routine des trois secteurs : 

  • la sérologie : de la toxoplasmose, des glucanes, antigène aspergillaire et Ac anti-aspergillaire
  • la mycologie : identification des levures et des champignons filamenteux
  • la biologie moléculaire : interprétation des PCR Pneumocystis jirovecii et toxoplasmose.

La biomol et la recherche de parasites dans les selles peuvent être approfondies selon la curiosité de l’interne.

Le semestre d’immunologie se déroule au CBS. L’interne passe obligatoirement 3 mois en immunochimie où il participe à l’activité de routine : interprétation des électrophorèses des protéines sériques sur Phoresis (à Lyon, elles ne sont pas faites en biochimie !), lecture des plaques d’immunofixation pour le typage des pics monoclonaux, et initiation à l’interprétation de l’exploration du système du complément, des cryoglobulines et des électrophorèse des protéines urinaires. Pour les 3 mois suivants, l’interne choisit entre 2 secteurs :

– l’allergologie : interprétation des dosages ELISA des IgE totaux et spécifiques dans les allergies alimentaires et respiratoires, des tests d’activation des basophiles par cytométrie en flux pour les allergies médicamenteuses

– ou l’auto-immunité : interprétation des IFI et des anticorps associés aux myosites, connectivites, SNC et hépatites, approche de la recherche clinico-biologique via des projets de fond.

Il est également possible de réaliser ce semestre à HEH (immunologie cellulaire et déficits immunitaires). L’interne participe à la validation et l’interprétation des bilans d’immunologie cellulaire (acquisition de compétences en cytométrie en flux). Il peut également s’il le souhaite participer à la validation des bilans de dysglobulinorachies dans le cadre du diagnostic des maladies inflammatoires neurologiques.

La Routine, vie de tous les jours :

L’interne a des obligations de service, ces obligations hebdomadaires sont de:

  • 8 demi-journées de stage d’exercice effectif de fonction dans la structure d’accueil:
    • Les gardes de nuit permettent une compensation de 2 demi-journées de travail.
  • 2 demi-journées hors stage :
    • 1 demi-journée de temps de formation sous la responsabilité du coordinateur de DES = formation universitaire.
    • 1 demi-journée de temps personnel de consolidation de ses connaissances et de ses compétences = formation autonome.
  • La durée de travail ne peut excéder 48 heures par période de 7 jours calculée en moyenne sur 3 mois.

L’interne participe de manière active à la vie du service, et ce dès le premier jour ! On vous demandera de valider, d’assurer les astreintes et d’apporter votre savoir dans le rendu des résultats. L’activité du service reposant généralement sur vous, la présence d’un interne au poste est toujours indispensable (wouhou, vous êtes une grande personne !). Le revers de la médaille, c’est qu’il faut du coup se répartir les astreintes d’après-midi (jusqu’à 18h30) et de samedi matin.

Les Gardes, vie de toutes les nuits:

Les internes en poste aux HCL participent obligatoirement au service de gardes et astreintes, idem pour les inter-CHU venant aux HCL et les internes en FST. Les internes en extra-hospitalier peuvent participer au service de gardes s’ils le souhaitent.

Les gardes des HCL sont des gardes technico-biologiques et polyvalentes.

Quel est le rôle de l’interne de garde ?

La permanence de l’offre de biologie médicale et des soins consiste en une activité de biologiste médical et en la validation biologique des bilans. Au cours des gardes liées aux stages, l’activité technique est requise sur certains sites hospitaliers. Le transfert de tâche est bien avancé mais toujours en cours (quelques tâches techniques incombent encore aux internes). Des techniciens sont présents sur tous les sites et pendant toute la durée de la garde. Le rôle de l’interne est donc la validation biologique et la communication avec les services. Le travail d’équipe est indispensable au cours d’une garde, tant du point de vue du rendu des résultats que de l’entente avec les techniciens et les OP du laboratoire.

Quand débutent les premières gardes ?

Les internes d’un pool ne prennent leurs gardes que 15 jours après le début du semestre, afin d’avoir le temps de se former aux gardes et aux spécificités de chaque site même si certaines des formations sont communes.

Comment choisit-on les gardes ?

Les internes de première année font obligatoirement leurs gardes sur leur site de stage, cependant, dès la deuxième année l’interne peut être affecté aux gardes sur un autre site que son stage pour équilibrer les pools. Le choix se fait ensuite à l’ancienneté (ce sont donc les nouveaux qui récupèrent le plus souvent les gardes de Noël et jour de l’an… mais la chance tourne les années suivantes !) puis au classement pour les internes à ancienneté équivalente. Les médecins et les pharmaciens sont inter-classés selon leur rang respectif dans leur promotion ( 1 médecin puis 3 pharmaciens, etc). Cet interclassement permet une juste répartition des gardes, et est inversé chaque semestre.

Peut-on dormir en garde ?

En ce qui concerne le repos, il faut avoir à l’esprit que l’interne en bio dort en général peu ! Des disparités existent cependant en fonction des sites… et des nuits !

Combien de gardes par semestre ?

Cela dépend des semestres mais en moyenne, sur les sites de l’Est et Nord où il y a deux internes, il faudra effectuer environ 20 gardes. Sur le site du Sud où il n’y a qu’un interne de garde, ils s’en sortent avec moins de gardes, environ 16 gardes par semestre.

Quels sont les horaires de garde ?

  • en semaine : de 18h30 à 8h30
  • le samedi : de 13h30 à 8h30
  • le dimanche : 8h30 à 8h30

CHLS : 1 interne par garde

– Activité polyvalente : Biochimie/toxicologie, Hématologie, Virologie (AES, covid). 

– Rôle de l’interne :

Validation biologique, relecture de la numération des LCR, lecture des lames (schizocytes, décompte érythroblastes, suspicion de leucémie aiguë en semaine et numération formule le dimanche), réception des alcoolémies médico-légales, participation à l’activité globale de garde (aide à l’enregistrement…).

CBE : 2 internes par garde

– Activité polyvalente : Biochimie, Hématologie, Virologie (AES, covid).

– Rôle de l’interne :

Validation biologique, travail technique (LCR et autres liquides, prise en charge des protocoles…), lecture de lame (schizocytes, décompte érythroblastes, suspicion de leucémie aiguë), participation à l’activité globale de garde (aide à l’enregistrement, passage des gaz du sang…), supervision des contrôles qualités.

Croix-Rousse (GHN) : 2 internes par garde (1 bactériologie, 1 autre hémato/biochimie)

– Activité polyvalente : Biochimie, Hématologie, Bactériologie/Virologie/Parasitologie

– Rôle de l’interne :

Validation biologique, travail technique (LCR, Ag cryptocoque), lecture des lames d’hématologie cellulaire (schizocytes, décompte érythroblastes, suspicion de leucémie aiguë et numération formule le dimanche), prise en charge des protocoles, prise en charge des AES et des recherches de paludisme, participation à l’activité globale de garde (aide à l’enregistrement, passage des gaz du sang…), supervision des contrôles qualités, relecture de gram, réception des dons d’organes.

Spécificité des gardes à Lyon :

Le diagnostic du paludisme en urgence est fait uniquement au CBN, par test rapide combiné à une PCR. Il n’y donc pas d’habilitation à la lecture du frottis ni de la goutte épaisse pour la garde.

Les apéros, vie de tous les soirs :

Quand on termine peu après 15h30, l’apéro apparaît rapidement comme la solution pour occuper les fins d’après-midi. C’est là que les VPs festivités entrent en jeu !

C’est bien évidemment une blague mais les VP festivités sauront vous divertir !

Ecrit en avril 2018 par Estelle, Xavier, Hortense, Stéphanie, Mélanie et Laurent (VP Bio 2018) / Jean-Victor (Prez 2018)

Mise à jour en février 2019 par Eléonore, Alexane, Sibyle, Emma (VP Bio 2019)/ Xavier (Prez 2019)

Mise à jour en Juin 2022 par Marine, Coralie, Léo, Matthieu (VP Bio 2021/2022) / Mathieu (Président 2021/2022)

Références à l’arrêté du 27 novembre 2017 modifiant l’arrêté du 12 avril 2017 relatif à l’organisation du troisième cycle des études de médecine et l’arrêté du 21 avril 2017 relatif aux connaissances, aux compétences et aux maquettes de formation des diplômes d’études spécialisées et fixant la liste de ces diplômes et des options et formations spécialisées transversales du troisième cycle des études de médecine